Si te incapacitaron, la regla es simple: los primeros 2 días los paga tu empleador al 66,67% de tu salario, y del día 3 en adelante los paga la EPS. Eso aplica para enfermedad común. Si fue un accidente o enfermedad de trabajo, la ARL paga el 100% desde el primer día.
¿Quién paga cada día?
| Días de incapacidad | Quién paga | Cuánto paga |
|---|---|---|
| Días 1 y 2 | Empleador | 66,67% del salario |
| Días 3 al 90 | EPS | 66,67% del salario |
| Días 91 al 180 | EPS | 50% del salario |
| Días 181 en adelante | Fondo de pensiones | 50% del salario |
Si es accidente de trabajo o enfermedad laboral (origen profesional):
| Días de incapacidad | Quién paga | Cuánto paga |
|---|---|---|
| Desde el día 1 hasta el día 180 | ARL | 100% del salario |
| Días 181 al 360 (prórroga) | ARL | 100% del salario |
La base de cálculo es el Ingreso Base de Cotización (IBC) — el salario sobre el que cotizas seguridad social, no necesariamente el salario total si tienes pagos no salariales.
El mínimo garantizado
La ley establece que el valor diario de una incapacidad no puede ser inferior al equivalente al salario mínimo diario. En 2026 eso es $58.363 por día ($1.750.905 ÷ 30). Si tu IBC resulta en un valor menor, la EPS debe pagarte al menos ese mínimo.
Ejemplo en pesos reales
Trabajador con salario de $2.500.000, incapacitado 12 días por gripa severa:
- Días 1 y 2 (empleador): 2 × ($2.500.000 ÷ 30) × 66,67% = $111.117
- Días 3 al 12 (EPS, 10 días): 10 × ($2.500.000 ÷ 30) × 66,67% = $555.583
- Total recibido: $666.700
Trabajador con salario mínimo ($1.750.905), incapacitado 20 días:
- Días 1 y 2 (empleador): 2 × $58.363 × 66,67% = $77.818
- Días 3 al 20 (EPS, 18 días): 18 × $58.363 × 66,67% = $700.360
- Total recibido: $778.178
¿La incapacidad cuenta para prima, cesantías y vacaciones?
Depende de cuántos días llevas incapacitado:
Hasta 180 días de incapacidad:
- Prima de servicios: sí cuenta — los días de incapacidad no se descuentan del tiempo de servicios
- Cesantías: sí cuentan — se liquidan sobre el último salario recibido antes de la incapacidad (no sobre el subsidio)
- Intereses a las cesantías: sí cuentan
- Vacaciones: sí cuentan
Después de 180 días continuos de incapacidad:
- Prima, cesantías e intereses: la jurisprudencia mayoritaria indica que siguen acumulando
- Vacaciones: el Decreto 1045 de 1978 establece que una incapacidad superior a 180 días interrumpe el tiempo de servicios para efectos de vacaciones. Las vacaciones acumuladas hasta los 180 días sí se reconocen.
Dato práctico: para cesantías e intereses, el empleador liquida sobre el salario base anterior a la incapacidad, ya que el subsidio de incapacidad no constituye salario.
¿Qué pasa después de 180 días?
El proceso cambia completamente:
- Antes del día 120: la EPS debe emitir el concepto de rehabilitación
- Antes del día 150: la EPS envía ese concepto al fondo de pensiones
- Del día 181 en adelante: el fondo de pensiones asume el pago al 50% mientras se evalúa si hay recuperación posible o si procede pensión de invalidez
- Si persiste más de 360 días adicionales: se inicia el trámite de calificación de pérdida de capacidad laboral
Para acceder a la pensión por invalidez por enfermedad común se requiere:
- Pérdida de capacidad laboral del 50% o más
- Haber cotizado al menos 50 semanas en los últimos 3 años antes de la fecha de estructuración
¿Te pueden despedir estando incapacitado?
No sin autorización. La estabilidad laboral reforzada por salud protege al trabajador: si el empleador termina el contrato sin permiso del Ministerio de Trabajo mientras estás incapacitado o en tratamiento, se presume que el despido fue discriminatorio y tienes derecho a reintegro o indemnización especial (180 días de salario adicionales, según el artículo 26 de la Ley 361 de 1997).
Esta protección aplica tanto a contratos laborales como a contratos de prestación de servicios, según jurisprudencia reciente de la Corte Constitucional (T-311 de 2025).
¿Cómo tramitar el pago?
- Consigue el certificado de incapacidad expedido por el médico tratante (EPS o ARL)
- Entrega el original al empleador — es el documento que activa el pago
- El empleador reporta la novedad en la planilla de seguridad social (PILA)
- El empleador te paga los primeros 2 días directamente en la nómina del período
- La EPS/ARL le reembolsa al empleador los días a su cargo (o paga directamente al trabajador, según el acuerdo)
El empleador tiene la obligación de pagarte en la fecha de nómina habitual — no puede retrasarte el pago con el argumento de que la EPS aún no le ha reembolsado.
Preguntas frecuentes
¿Qué pasa si la incapacidad es de 1 solo día? El empleador la paga completa (ese único día al 66,67%). La EPS no interviene porque solo cubre desde el día 3.
¿Puedo acumular varias incapacidades cortas? Sí. Si tienes incapacidades repetidas por la misma causa, pueden acumularse para efectos del límite de 180 días. La EPS lleva el control.
¿La EPS puede negar el pago de una incapacidad? Solo si hay inconsistencias en la cotización o si el diagnóstico no fue emitido por un médico autorizado. Si llevas al día tus aportes y tienes el certificado médico en regla, la negativa de la EPS es impugnable ante la Superintendencia Nacional de Salud.
¿El subsidio de incapacidad tiene retención en la fuente? No. El pago de incapacidades no está sujeto a retención en la fuente, ya que no constituye salario sino una prestación económica del sistema de seguridad social.
¿Qué pasa si soy trabajador independiente? Si cotizas como independiente, no tienes empleador que asuma los primeros 2 días — en tu caso la EPS cubre desde el primer día, pero debes estar al día con tus aportes para que aplique la cobertura.
¿Quieres calcular cuánto recibirías en una liquidación si terminó tu contrato? Usa la calculadora de liquidación laboral para ver el desglose completo incluyendo cesantías, prima proporcional y vacaciones.